VAHTS Stranded mRNA-seq Library Prep Kit for Illumina(链特异性转录组建库)-文库及构建-试剂-生物在线
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VAHTS Stranded mRNA-seq Library Prep Kit for Illumina(链特异性转录组建库)

VAHTS Stranded mRNA-seq Library Prep Kit for Illumina(链特异性转录组建库)

商家询价

产品名称: VAHTS Stranded mRNA-seq Library Prep Kit for Illumina(链特异性转录组建库)

英文名称: VAHTS Stranded mRNA-seq Library Prep Kit for Illumina

产品编号: NR602-01/02

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产品产地: 江苏南京

品牌商标: Vazyme

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保留了mRNA的链方向性,更加准确的获得基因的结构以及基因表达信息

对于复杂植物模板具有很高的成功率

建库流程与Illumina TruSeq Stranded mRNA Sample Prep Kit相同

优化的大片段建库方案

测序数据与Illumina试剂具有高度的一致性

图1. 1 μg universal human reference RNA分别用VAHTS® mRNA-seq v2 Library Prep Kit for Illumina、 VAHTS® Stranded mRNA-seq Library Prep Kit for Illumina、 llumina TruSeq Stranded RNA Sample Preparation Kit构建文库,用Hiseq 2500测序。可以看到,链特异性文库有超过99%的Reads比对到正义链上。

图2. 1 μg (A) 或100 ng (B) universal human reference RNA分别用VAHTS® Stranded mRNA-seq Library Prep Kit for Illumina以及Illumina TruSeq Stranded RNA Sample Preparation Kit构建文库,用Hiseq 2500测序,分析数据均一性分布。可以看出,本产品构建的文库数据分布均匀,没有5’或3’偏好性,并且和Illumina试剂盒高度一致。

图3. 1 μg 或100 ng universal human reference RNA分别用VAHTS® Stranded mRNA-seq Library Prep Kit for Illumina以及llumina TruSeq Stranded RNA Sample Preparation Kit构建文库,用Hiseq 2500测序,两两比较表达重复相关性, 以spearman相关系数r表示。可以看出,1 μg (A)、 100 ng (B)模板量下Vazyme VAHTS® 和Illumina TruSeq之间以及用Vazyme VAHTS® 建库1 μg和100 ng (C)之间的相关系数r均大于0.97,说明具有很高的表达重复相关性。

VAHTS® Stranded mRNA-seq Library Prep Kit for Illumina适用于起始模板为0.1-1 μg总RNA的链特异性转录组文库构建。与常规转录组文库构建不同的是,在第二链cDNA合成时,掺入dUTP标记第二链;PCR前将标记的第二链模板用UDG酶消化,使得最终的测序信息都来自于第一链cDNA,从而保留了mRNA的链方向性。测序后的数据分析可确定转录本是来自正义还是反义DNA链。本产品的模板适应性广泛,对于植物样本具有很高的成功率。 本产品不仅提供与Illumina TruSeq Stranded mRNA Sample Preparation Kit相同的建库流程 (插入片段150-200 bp),还针对插入片段大于200 bp的文库提供优化的打断及分选条件。用本产品构建的文库在数据产出及数据质量上均与Illumina官方试剂盒保持高度的一致性。

 组分NR602-01(24 rxn)NR602-02(96 rxn)
NR1mRNA Capture Beads1.2 ml4.8 ml
Beads Binding Buffer1.2 ml4.8 ml
Beads Wash Buffer9.6 ml38.4 ml
Tris Buffer1.2 ml4.8 ml
NR5Frag/Prime Buffer468 μl2 × 936 μl
Actinomycin D (5 mg/ml)24 μl96 μl
1st Strand Buffer144 μl576 μl
1st Strand Enzyme Mix48 μl192 μl
2nd Strand Marking Buffer480 μl2 × 960 μl
2nd Strand/End Repair Enzyme Mix120 μl480 μl
NR6dA-Tailing Buffer Mix240 μl960 μl
dA-Tailing Enzyme Mix60 μl240 μl
Ligation Mix60 μl240 μl
Stop Ligation Mix120 μl480 μl
PCR Primer Mix120 μl480 μl
Amplification Mix 1600 μl4 × 600 μl
Heat-labile UDG24 μl96 μl

贮藏与保质期
Box 1: 2-8°C保存。
Box 2 :-20°C保存。
Box 3 :-20°C保存。
适用范围
起始模板:0.1–1 μg完整度良好的总RNA。建议用Agilent  2100 Bioanalyzer对提取的总RNA进行质控,RIN值应≥8。不完整或降解的总RNA模板会给测序结果带来3’偏好性。
转录本信息:本试剂盒适合于针对mRNA的链特异性RNA-seq分析,包括:基因表达、单核苷酸变异 (single nucleotide variation),可变剪切/融合基因、目标转录组分析等。如果需要分析非编码RNA,请选择VAHTS®Total RNA-seq Library Prep Kit for Illumina (Vazyme NR603)。