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SNP分型检测

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单核苷酸多态性(SNP) 是指在基因组上单个核苷酸的变异,包括置换、颠换、缺失和插入。从理论上来看每一个SNP 位点都可以有4 种不同的变异形式,但实际上发生的只有两种,即转换和颠换,二者之比为2 :1SNP CG序列上出现最为频繁,而且多是C转换为T ,原因是CG中的C 常为甲基化的,自发地脱氨后即成为胸腺嘧啶。一般而言,SNP 是指变异频率大于1 %的单核苷酸变异。在人类基因组中大概每1000 个碱基就有一个SNP ,人类基因组上的SNP 总量大概是3 ×106 个。

实时荧光定量PCR分析法

    原理:使用针对核酸中不同多态性序列的荧光Taqman探针,它们在PCR扩增中被水解释放荧光信号,只有与靶序列完全匹配的探针才能被相应的切割。不同探针标记不同的荧光报道信号。利用多通道荧光PCR仪检测结果,可以便捷判断核酸多态性。

    优点:操作方便简单,实验时间是现有方法中最短的,重复性强,适合于大量样本的检测.同时整个实验是在闭管的状态下完成,可以非常有效避免污染。结果判断借助仪器软件自动判读,客观性强。

    缺点:只能对已知的多态性位点进行分析。

通过实时荧光定量PCR的方法,采用TaqMan 探针法,对人的5号染色体上一位点的SNP进行检测。

Target5号染色体

扩增长度:195bp

实验仪器:Mx3000PTM实时荧光定量PCR

检测方法:TaqMan 探针法

1、按照下面体系配制 反应液(反应液在冰上配制)。  

        

     RealtimeMix           10µ l

F 4P                  2µ l

R 4P                  2µ l

TaqMan Probe10µM   0.5µ l

H2O                   4.5µ l

模板                  1µ l

                         Total                  20µ l

2Real Time PCR反应条件如下:

3Real Time PCR反应结果

Real Time PCR扩增曲线如下: