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转录组是相对于基因组而言，是一个活细胞所能转录出来的所有RNA的总和。
目的是从mRNA水平研究不同个体或者不同实验条件下基因表达的差异情况。

百迈客优势

数字化信号：直接测定每个转录本片段序列，单核苷酸分辨率的精确度，同时不存在传统微阵列杂交的荧光模拟信号带来的交叉反应和背景噪音问题。

高灵敏度：能检测到细胞中少至几个拷贝的稀有转录本。

任意物种的全基因组分析：无需预先设计特异性探针，因此无需了解物种基因信息，能够直接对任何物种进行转录组分析。

更广的检测范围：高于6 个数量级的动态检测范围，能够同时鉴定和定量稀有转录本和正常转录本。

主要研究方向：

发现可变剪切，分析转录本的结构；
分析不同组织间基因表达差异，不同发育时期或不同胁迫处理间基因表达差异的检测；
对于没有基因组的物种，通过进行转录组测序，构建出该物种的编码序列库，为后续的研究打下基础；
开发EST-SSR标记，分析目标物种的多态性水平。

• 数据分析
• 有参考基因组
• 基本分析
  1．InsertSize长度检验
  2．比对信息统计
  ３．随机性实验检验图
  ４．基因覆盖度、深度统计
  这项分析主要给出每个基因被Reads 覆盖的百分比(Coverage)、碱基的平均测序深度(sequencing depth)、比对到该基因上的总Reads 数目、Uniquely 比对到该基因上的Reads 总数以及基因的描述等信息
  ５．基因差异表达分析
  比较不同样品间表达差异的基因，给出在每个样品中上调/下调基因及GO分类图形
• 高级分析
  1．基因结构优化
  这部分主要是通过Reads 在基因组上的分布、Paired-end 信息、以及现有基因注释结果，对基因结构进行优化、改善等，以相应的图表展示分析结果。这一分析中，我们主要对基因的第一个Exon 或最后一个Exon 进行优化，根据Reads 的分布对第一个Exon 或最后一个Exon 延长
  2．鉴定基因的可变剪接
  本项分析主要通过Paired-end 数据以及junction reads(在Exon-Exon 边界处的Reads),结合已有的基因注释集合鉴定新的可变剪切形式。
  可变剪切又分为几种：产生新的外显子（new exon）、保留的内含子（retained intron）、跳过的外显子、互斥外显子、基因第一个和最后一个外显子有不同的选择
•  
• 无参考基因组
• 组装情况分析
  主要包括组装Contig、Scaffold统计分析和组装后Gap大小统计
• 转录本注释
  转录本注释分析的方法是将样品的所有转录本与现有的Nr、COG、KEGG比对，提取比对质量较好的信息，然后获取相应的注释信息。
• 差异转录本分析
  将不同样品的转录本互相比对，寻找到共有的转录本和每个样品所特有的转录本。
• 差异表达聚类分析
• SNP检测
  比较不同样品共同转录本中的每个碱基，如发现有碱基不同，则认为它们是潜在的SNP。在找到潜在的SNP后，需要对此转录本进行验证，用Reads对每个样本的共同转录本进行比对，只有当Reads数较高，才认为是SNP.