制作石蜡切片，切片前须将石蜡渗透组织包埋于石蜡中，而水与石蜡又是不相混合的，所以在浸蜡，包埋前必须将组织内所含的水分脱去。而大多数的组织固定剂是水溶液，随后的水冲洗也使其含有大量水分，因此必须先行脱水，一般是浸入逐级增加浓度的酒精来完成。由于酒精和石蜡不能混合，须再用一种石蜡的溶剂来置换酒精，因大多数石蜡溶剂有使组织的折光率增高并表现为透明或半透明状，所以此步骤又称透明。最后用石蜡浸渍组织并铸制成坚实的蜡块。常规的石蜡包埋过程包括五个基本步骤，即固定，脱水，透明，浸蜡和包埋。
      材料的好坏直接影响到切片的质量，无论取哪一种动植物材料，必须注意植物材料选择时须尽可能不损伤植物体或所需要的部分；动物材料取用时将动物杀死后迅速取出所需要的组织。
1. 固定 ：
      组织和细胞离开机体后，在一定时间内仍然延续着生命活动，会引起病理变化直至归于死亡。为了使标本能反映它生前的正常状态，必须尽早地用某些化学 药品迅速地杀死组织和细胞，阻抑上述变化，并将结构成分转化为不溶性物质，防止某些结构的溶化和消失。这种处理就是固定。除了上述作用外，固定剂会使组织适当硬化以便于随后的处理，还会改变细胞内部的折射系数并使某些部分易于染色。 固定剂的作用对象主要是蛋白质，至于其他成分如脂肪和糖，在一般制作时不加考虑，如要观察这些物质，可用特殊的方法将其固定下来。
2. 脱水 ；
       生物组织中含有大量的水分，它和石蜡是不能相溶的，致使在包埋时石蜡无法渗入组织内部，因此须使用脱水剂将水分除尽，这就是脱水的作用。 脱水剂必须能与水以任何比例相混合。脱水剂有两类：一类是非石蜡溶剂，如乙醇、 等，脱水后必须再经过透明，才能透蜡包埋；另一类是兼石蜡溶剂，如正丁醇，脱水后即可直接透蜡。
3. 透明： 
      在二甲苯的时间不宜过短或过长。时间过短引起透明不充分，影响后面渗透包埋；时间过长则引起组织变脆
4. 浸蜡：
      若出现从脱水到渗透时间太长，可在1/2二甲苯＋1/2石蜡或石蜡I的步骤停下,即将进入1/2二甲苯＋1/2石或石蜡I后，立即冷却，将组织封进里面，到第二天复融；第二天融解时温度不能超过65℃，并且需到完全溶解时开始进入步骤算时间。
5. 包埋：