概述

MeDIP-Seq（Methylated DNA Immunoprecipitation Sequencing）测序是基于抗体富集原理进行测序的全基因组甲基化检测技术，采用甲基化DNA免疫共沉淀技术，通过5'-甲基胞嘧啶抗体特异性富集基因组上发生甲基化的DNA片段，然后通过高通量测序可以在全基因组水平上进行高精度的CpG密集的高甲基化区域研究。

研究人员可以利用MeDIP-Seq技术快速有效地寻找基因组上的甲基化区域，从而比较不同细胞、组织或疾病样本间的DNA甲基化修饰模式的差异。

技术路线

生物信息学分析模块

样品要求：

1) 样品质量：OD 260/280值应在1.8～2.0 之间；无RNA污染,无降解.

2) 样品浓度：最低浓度不低于50ng/µl。

3) 样品总量：每个样品总量不少于15µg。

4) 样品溶剂：要溶解在无菌的10 mM TirsHCl， 1mM EDTAE (pH 8.0)溶液中。

5) 样品运输： DNA低温运输（-20℃）；且在运输过程中请用parafilm将管口密封好，以防出现污染。

应用领域

在植物中，基因印记现象往往发生在胚乳中。研究人员以两个拟南芥品种Col- gl和Ler各自的胚和胚乳为材料，利用medIP测序的手段对全基因组的甲基化谱进行研究。发现伴随着胚乳的发育以及胚乳特异的一些基因的表达发生了大规模甲基化的变化。胚乳中重复元件发生了广泛的去甲基化。并且，通过将胚乳中甲基化程度降低的区域与胚乳表达偏好性(preferential expression in endosperm)关联起来作为候选印记基因的方式，寻找到了新的印记基因。所有的结果说明植物中印记的发生来源于在基因调控元件附近插入重复元件的甲基化以及之后的正向选择的原因。

参考文献

[1] Carvalho RH, Haberle V, Hou J, et al. Genome-wide analysis of aberrant methylation in human breast cancer cells using methyl-DNA immunoprecipitation combined with high-throughput sequencing. BMC Genomics, 2010, 11:137 doi:10.1186/1471-2164-11-137.

[2] Li Q, Li N, Hu X, et al. Genome-wide mapping of DNA methylation in chicken. PloS one, 2011, 6:e19428. doi:10.1371/journal.pone.0019428.