长链非编码RNA(long noncoding RNA, lncRNA) 指的是长度在200-100000 nt之间不具有蛋白编码功能的RNA分子，参与细胞内多种过程调控。近年来的研究表明，lncRNA参与了X染色体沉默，基因组印记以及染色质修饰，转录激活，转录干扰，核内运输等多种重要的调控过程，lncRNA的这些调控作用也开始引起人们广泛的关注。lncRNA的种类远远超过编码RNA，哺乳动物基因组序列中4%~9%的序列产生的转录本是lncRNA（相应的蛋白编码RNA的比例是1%-5%）。lncRNA已经成为非编码RNA研究领域的一个热点。通过lncRNA高通量测序，研究人员能够快速高通量的获得其与特定生物学过程或者疾病相关的lncRNA的表达变化，从而极大促进lncRNA的深入研究。

技术路线

生物信息分析

样品要求

1）样品类型：细胞、新鲜组织或RNA样品。

2）样品量：细胞样品请提供至少1×107个细胞，组织样品请提供至少300mg的组织块或切片，RNA样品请提供10 μg以上的总RNA。

3）样品质量：RNA无明显降解，提取的总RNA OD260/280值在1.8~2.2之间，浓度≥ 500 ng/μl，28S:18S ≥ 1.5，RIN ≥7。

4）样品保存：细胞样品或新鲜组织块（切成~50mg的小块）可用TRIZOL或RNA保护剂处理或液氮冻存后，-80℃保存。RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中，-80℃保存。样品保存期间避免反复冻融。

5）样品运输：样品置于1.5 ml管中，封口膜封好，干冰运输。

应用案例

科学家们利用小鼠lncRNA测序，寻找到在胚胎干细胞（ES）、神经元前体细胞（NPC）和终末分化成纤维细胞（FIB）中差异表达的一批lncRNA，同时发现这些lncRNA的表达情况与它们启动子区H3K4me3和H3K27me3的甲基化有关。在胚胎干细胞中，lncRNA表达量低，同时它们启动子区H3K27me3的甲基化程度高。而如果在胚胎干细胞中敲除DNA甲基化酶Ezh2，那么lncRNA的表达量会升高。这样的结果对于研究lncRNA的表达调控具有重要意义。

参考文献

[1]Yin QF, Yang L, Zhang Y, et al. Long Noncoding RNAs with snoRNA. Molecular Cell, 2012, 48:219–230.

[2]Dinga Jh, Lua Qh, Ouyang Yd, et al.  A long noncoding RNA regulates photoperiod-sensitive male sterility, an essential component of hybrid rice. PNAS, 2012, 109:2654-2659