真菌基因组测序

真菌属于较低等的真核生物，种类繁多，在自然界中分布广泛。据估计，全世界约有150万种真菌，其中包含许多具有重要的药用价值和食用价值的有益真菌，同时也存在着大量引发动植物病害的致病菌。因此，合理利用有益真菌，控制和预防有害真菌对人类的生产和生活具有重要的意义。而真菌基因组的阐明，将为真菌特性的分析提供有用的依据。随着第二代高通量测序技术的成熟，基因组测序成本已大大降低，使得快速而经济的进行真菌基因组测序成为可能，目前真菌基因组学研究已进入了一个快速增长时期。

迪奥优势

拥有标准化操作实验室和高通量测序技术平台，可以根据合作伙伴要求灵活安排实验，实验周期短，质量可靠。

拥有Roche 454和IIIumina Solexa两种高通量测序平台，合作伙伴可根据具体需求进行选择，以获得最佳的实验结果。

技术人员经验丰富，可以根据合作伙伴要求在第一时间提供实验方案，解决实验问题，分析实验结果。

拥有专业的生物信息团队和大型计算机，可以为合作伙伴提供个性化的生物信息分析服务。

1． De novo真菌基因组测序

1） 基因组序列拼接

原始数据统计，基因组覆盖度计算，组装结果统计等。

2） 基因注释

编码基因预测，基因功能注释（NR,Swiss-Prot,interpro等），Non-coding RNA注释，重复序列注释等。

3） 基因功能分类

GO分类，KEGG通路分析等。

4） 比较基因组及进化分析

与近源物种的基因组序列对比，进行SNP,SV等变异结构检测，pan-genome和core-genome组成分析，同源基因分析，进化分析等。

2． 真菌基因组重测序

1） 原始数据统计

2） 短序列mapping至参考基因组

3） 分析mapping区域reads的覆盖度，重复性，覆盖碱基的质量及reads方向

4） SNPs,inDel,CNVs检测

5） 结构变异（SVs）和基因组重排事件分析

技术指标

基因组覆盖度大于95%，基因区覆盖达到98%以上，Scaffold N50大于300KB,单碱基错误率低于十万分之一

实验周期

1． De novo真菌基因组测序

迪奥生物从获得合作伙伴样品到高通量测序，一般控制在40个工作日左右完成。

2.真菌基因组重测序

迪奥生物从获得合作伙伴样品，高通量测序到数据分析，一般控制在40个工作日左右完成。

1. 请提供浓度≥200ng/ul.OD值介于1.8-2.0之间的DNA，样品浓度越高越好。

2. De novo测序获得精细图，若基因组大小介于10-45Mb之间，需提供至少100ug的DNA,若基因组大小大于45Mb,则需要200ug的DNA.

3. 重测序，DNA总量需≥10ug.

4. 样品采用冰袋或干冰运输，防止DNA降解。

5. 样品能否制备文库，以我们最后的检测结果为准。

6. 请填写完整的送样订单，并提供DNA电泳检测照片，用自封袋密封后随同样品一起送样。