病毒载体整合位点检测

病毒载体整合位点检测简介

慢病毒是逆转录病毒的一类，慢病毒整合到宿主细胞的染色体上可以长期稳定表达，并且与其他逆转录病毒（例如腺病毒）相比，慢病毒不但能感染分裂期细胞，而且还能感染非分裂期的细胞。基于以上优点，慢病毒载体（lentiviral vector）作为外源基因转移载体已广泛用于临床前基因研究及临床基因治疗。然而目前尚不能实现利用慢病毒载体将目的基因插入到特定位点，因此存在插入性突变致癌的风险。

腺相关病毒（adeno-associated virus，AAV）是目前发现的一类结构最简单的单链DNA缺陷型病毒。而重组腺相关病毒载体(rAAV) 源于非致病的野生型腺相关病毒，具有安全性好、宿主细胞范围广和在体内表达时间长等特点，目前的科学界共识是AAV不会导致任何人类疾病，因此成为目前最有前景的基因治疗载体。然而，近年来不断有研究表明AVV可将外源基因片段插入到染色体上。

病毒载体介导的外源基因随机插入的可能风险之一是其可能整合到宿主细胞的原癌基因或抑癌基因内引发插入性诱变（insertional mutagenesis），导致癌基因的激活或抑癌基因的抑制，从而诱导癌症的发生。这些潜在的副作用已经引起人们的极大关注，因此亟需发展普适的整合位点检测手段来评估以病毒为载体的基因治疗的安全性。

舒桐病毒载体整合位点检测能够特异性捕获整合位点序列，经过文库构建、二代测序及生物信息学分析，即可得出病毒载体在细胞中的整合位点。

技术路线图

舒桐慢病毒整合位点检测优势

1. 不依赖于限制性内切酶，灵敏度和特异性高，可用于复杂或微量样本中病毒载体整合位点的检测；
2. 一站式服务，服务周期短，可提供原始数据及可视化结题报告；

样品要求

1. DNA样品总量：500ng-1ug，浓度50ng/ul以上。
2. DNA样品纯度：OD260/280=1.8~2.0 。
3. DNA样品完整性：DNA无明显降解，需提供凝胶电泳检测胶图。

参考文献

1. Tian, R. et al. DeepHPV: a deep learning model to predict human papillomavirus integration sites. Brief Bioinform 22, doi:10.1093/bib/bbaa242 (2021).
2. Liang, J. et al. DeepEBV: A deep learning model to predict Epstein-Barr virus (EBV) integration sites. Bioinformatics, doi:10.1093/bioinformatics/btab388 (2021).
3. Wu, C. et al. DeepHBV: a deep learning model to predict hepatitis B virus (HBV) integration sites. BMC Ecol Evol 21, 138, doi:10.1186/s12862-021-01869-8 (2021).