Small RNA是指长度小于200bp，不具蛋白编码能力的一类RNA分子。small RNAs不仅在细胞中具有较高的表达量，也广泛存在于各类体液中。根据长度、结构形态、功能形式以及合成途径的不同，科研人员将small RNAs分成了七种类型：microRNA (miRNA)、PIWI-interacting RNA (piRNA)、small interfering RNA (siRNA）、small nucleolar RNA (snoRNA）、small nuclear RNA (snRNA)、transfer RNA (tRNA）、tRNA-derived fragment (tRF&tiRNA)（图1）。这些small RNA分子在转录水平或转录后水平，参与调控基因表达^[1-3] 。

图 1. Small RNAs的分类与功能

      small RNA的合成途径极其复杂，具体过程有待进一步的挖掘。在许多疾病中，科研人员都检测到了不同small RNA的合成紊乱。例如，DROSHA与DICER1是miRNA合成过程中非常关键的两个蛋白，其表达水平会随着肿瘤的发生发展而变化，并可作为神经母细胞瘤预后诊断的潜在标记物^[4] 。近些年来，small RNA吸引了越来越多的关注，small RNA合成途径的研究也受到了更多的重视。
      对于特定通路或聚焦领域中的基因而言，PCR芯片是其表达研究最可靠便捷的手段。为了帮助研究人员方便快捷地分析small RNA合成相关蛋白的表达水平，Arraystar开发了市场上第一款small RNA合成蛋白检测PCR芯片。该芯片能够同时分析185个mRNA，它们都是在各类small RNAs合成过程中发挥关键作用的蛋白分子的表达水平，是small RNAs研究的一件利器。

产品信息：

芯片特点：
• 覆盖度广—收集了GO通路中所有与small RNA合成相关的蛋白分子
• 严谨性强—所有引物都通过了多样本严格验证
• 快速简易—即用型384孔板规格，只需将cDNA与qPCR Master Mix混合试剂加入PCR板中，4小时内得到实验结果。cDNA无需预先扩增。

表 1. 人类small RNAs合成相关蛋白（185个蛋白）

PCR芯片实验流程
1.RNA抽提与质量检测
进行RNA常规抽提，使用NanoDrop ND-1000检测RNA浓度和纯度，使用琼脂糖凝胶电泳检测RNA纯度和完整性。详细的样品QC结果见Arraystar服务报告。
2.cDNA合成
每样本取1.5 μg RNA，使用rtStar™ First-Strand Synthesis Kit (Cat# AS-FS-001, Arraystar) 试剂盒合成cDNA第一链。详细步骤参照Arraystar产品操作手册。
3.Real-time PCR扩增
将cDNA与 Arraystar SYBR Green qPCR Master Mix (Cat# AS-MR-005-5, Arraystar)混合，加入至384孔板中，在ABI 7900 PCR仪上进行Real-time PCR扩增。
4.熔解曲线分析与原始数据导出
PCR扩增完成后，进行熔解曲线分析，使用PCR仪自带软件导出原始数据。出具Raw Data文件夹，包含原始Ct值、PCR扩增曲线图和熔解曲线图。

PCR芯片数据分析流程
1.PCR芯片数据质控
质控参数：Ct(Blank)>35; Ct(GDC)>35; Ct(RNA Spike-in)<25; Ct (PPC) <25. 符合上述条件的样本进入下一步分析。
2.数据校正与△Ct值计算
板间校正：使用Ct(PPC)对不同PCR板进行板间校正。
内参校正与△Ct值计算：挑选最优内参，使用内参均值计算△Ct值。
3.差异倍数计算 (2^(-△△Ct))
使用 △△Ct 方法计算不同样品组之间的表达差异倍数。
4.P值计算
对样本组进行t检验，计算P值。
5.其他常规数据分析
散点图分析；火山图分析；TOP20表达上调和下调transcript柱形图分析
6.提供服务报告与数据分析结果
a.Arraystar服务报告（包括RNA样本QC和详细实验数据分析步骤）
b.Excel芯片结果汇总表（包括transcript列表，数据分析结果和各类图表）
c.Raw Data文件夹 (包含原始数据、扩增曲线图和熔解曲线图)

NuRNA™ Human small RNA Biogenesis PCR芯片服务部分结果展示
1.差异表达转录本列表（默认筛选参数：差异倍数>2；P<0.05，客户可指定筛选参数值）

2. 散点图 (黑色斜线代表差异倍数为1，红色斜线代表差异倍数为2)

3. 火山图（黑色垂线代表差异倍数为1；粉色垂线代表上调或下调倍数为2；蓝色水平线代表P值为0.05）

4. TOP20表达上调transcript柱状图

5. TOP20表达下调transcript柱状图

参考文献
[1] Kim VN. Small RNAs: classification, biogenesis, and function. Mol cells 19, 1-15. (2005),
[2] Esteller M. Non-coding RNAs in human disease. Nat Rev Genet 12, 861-74. (2011), PMID:22094949.
[3] Matera AG, et al. Non-coding RNAs: lessons from the small nuclear and small nucleolar RNAs. Nat Rev Mol Cell Biol 8, 209-20. (2007), PMID:17318225.
[4] Lin RJ, et al. microRNA signature and expression of Dicer and Drosha can predict prognosis and delineate risk groups in neuroblastoma. Cancer Res 70, 7841-50. (2010), PMID:20805302.