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小RNA(small RNA)测序

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产品名称: 小RNA(small RNA)测序

英文名称: small RNA sequencing

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microRNA(miRNA)是一种大小约21—23个碱基的单链小分子RNA,是由具有发夹结构的约70—90个碱基大小的单链RNA前体经过Dicer酶加工后生成,不同于siRNA(双链)但是和siRNA密切相关。microRNA通过和靶基因mRNA碱基配对引导沉默复合体(RISC)降解mRNA或抑制mRNA的翻译,从而在转录后水平调控蛋白表达(最新发现microRNA也能在转录水平调控基因表达)。

microRNA在物种进化中相当保守,在动物、植物和真菌等中发现的microRNA表达均有严格的组织特异性和时序性。microRNA在细胞生长和发育过程中起多种作用,包括调控发育、分化、凋亡和增殖等。

Small RNA测序是基于高通量测序平台对目标样本的small RNA进行大规模检测,利用生物信息学挖掘手段,发现新的microRNA,研究small RNA的功能、结构和调控机制。


样品要求

a. 样品类型:完整且无污染的总 RNA;

b. 样品需求量(单次):≥10 μg;

c.  样品浓度:≥200 ng/μl;

d.  样品纯度:OD260/280 =1.8~2.2;RIN ≥8.0;28S:18S ≥1.0。

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交付结果

标准化分析内容:

1)数据过滤质控及统计;

 2)小RNA长度分布统计; 

3)样品间的公共序列和特异序列的分析; 

4)Small RNA 在选定的参考基因组上的分布;

 5)Small RNA 与 rRNA、tRNA、snRNA、snoRNA 的比对信息; 

6)Small RNA 与重复序列的比对信息; 

7)Small RNA 与 exon/intron 的比对信息; 

8)Small RNA 与 miRBase 中指定范围的已知的 miRNA 的比对;

9)已知miRNA的表达谱构建及差异表达分析

10) 按照优先级将 small RNA 进行分类注释;

11)miRNA预测;

12)small RNA靶基因预测;

13) 差异表达small RNA靶基因GO富集分析;

14) 差异表达small RNA靶基因KEGG富集分析。