自上而下和自下而上蛋白质组学是两种主要的研究策略，两种方法各有其独特的应用领域和优势。自上而下蛋白质组学方法主要是从完整蛋白质开始，通过质谱分析来识别和定量蛋白质。这种方法能够保留蛋白质的天然状态，对于研究蛋白质的翻译后修饰和异构体具有意义。自下而上蛋白质组学则是通过将蛋白质酶解为肽段，再通过质谱进行分析和鉴定。在研究蛋白质翻译后修饰、蛋白质-蛋白质相互作用、自上而下蛋白质组学具有不可替代的优势，因为它能够提供更加完整的蛋白质结构信息。而自下而上蛋白质组学则以其高通量、灵敏度高等特点，广泛应用于复杂蛋白质组的定量分析。自上而下（top-down）和自下而上（bottom-up）蛋白质组学在实验流程、特点及应用方面存在明显差异，以下是具体介绍：

一、实验流程

1、自上而下蛋白质组学

（1）蛋白质提取与分离：直接从生物样本中提取完整蛋白质，然后采用凝胶电泳、液相色谱等技术将蛋白质混合物按分子量大小等特性进行分离。

（2）质谱分析：将分离后的完整蛋白质直接进行质谱分析，获得完整蛋白质的质量、电荷等信息。有时也会在离子源内对完整蛋白质进行碎片化处理，产生不同的离子片段，通过分析这些离子片段的质量和相对丰度，获取蛋白质的序列和结构信息。

2、自下而上蛋白质组学

（1）蛋白质酶解：首先将生物样本中的蛋白质提取出来，然后用蛋白酶（如胰蛋白酶）将蛋白质酶解成短肽段。

（2）肽段分离与质谱分析：利用液相色谱等技术对酶解后的肽段混合物进行分离，再将分离后的肽段送入质谱仪进行分析，得到肽段的质量图谱。通过与蛋白质数据库中已知肽段的质量和序列信息进行比对，推断出蛋白质的种类和序列。

二、特点

1、自上而下蛋白质组学

（1）优势：可以直接分析完整蛋白质，保留了蛋白质的翻译后修饰、蛋白质异构体等信息，能够更全面地研究蛋白质的功能和结构。对于研究蛋白质的高级结构、蛋白质复合物的组成和相互作用等方面具有独特优势。

（2）局限：由于完整蛋白质的分子量较大，结构复杂，质谱分析时离子化效率低，信号强度弱，导致检测灵敏度相对较低。同时，数据解析难度大，需要更复杂的算法和软件来处理和分析质谱数据。

2、自下而上蛋白质组学

（1）优势：酶解后的肽段分子量小，容易离子化，质谱检测灵敏度高，能够检测到低丰度的蛋白质。而且肽段的质谱数据解析相对简单，通过与数据库比对可以快速准确地鉴定蛋白质。此外，该方法通量高，能够同时分析大量的蛋白质。

（2）局限：在酶解过程中可能会丢失一些蛋白质的翻译后修饰信息和蛋白质异构体信息，无法直接研究蛋白质的高级结构和蛋白质复合物的完整组成。

自上而下蛋白质组学能够提供完整的蛋白质序列信息，保留天然状态下的翻译后修饰信息。自下而上蛋白质组学则适合高通量分析，能够快速分析大量蛋白质样品，广泛应用于生物标志物发现与功能基因组研究。百泰派克生物科技致力于为客户提供高质量的自上而下和自下而上蛋白质组学服务。我们的团队拥有丰富的经验和先进的技术，能够根据客户的具体需求，提供定制化的蛋白质组学解决方案。我们承诺以高效、精准的实验结果助力您的科研项目，欢迎与我们合作。

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

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