MicroRNA (miRNA)是现在生命科学领域最热门的研究方向之一，然而，与新的miRNA的频频发现相比，miRNA的功能研究相对缓慢，导致miRNA功能研究进展缓慢的非常重要的原因是miRNA的作用靶标难以确定.
到目前为止，通过实验方法确定miRNA的作用靶标非常耗时，尚无高通量的靶标鉴定方法，因此，通过理论方法预测miRNA的作用靶标成为当前识别miRNA作用靶标的较为理想的途径。
明烨生物科技在microRNA分析方面积累了丰富的经验，已搭建了相当成熟的分析平台，可以提供如下个性化服务：
项目一：全基因组microRNA预测
＊目的：
对新的microRNA进行生物信息学预测，以指导实验进行验证。
＊实现步骤：
编写PERL脚本程序从mRNA序列中减除编码蛋白的序列（CDS）从而获得基因的5’-UTR和5’-UTR序列。其中的3’-UTR序列被收集起来，建立了待测物种3’-UTR序列数据库。使用miRanda等软件，对上述的数据进行microRNA结合位点的预测。


项目二：microRNA 转录因子预测分析
＊目的
对已知的microRNA进行上游转录因子(TF)预测，以指导实验进行验证。
＊实现步骤
针对目标microRNA，提取TSS上游5000bp序列和下游500bp序列作为转录因子（TF）预测的数据。转录因子数据库使用TRANSFAC 7.0 public。转录因子结合位点预测使用pwmatch程序，设置log-odds的cutoff值。

项目三：靶基因预测

-非编码区靶基因预测-
非编码区靶基因预测由miRanda等多个软件分别进行预测,对于有些无法对应的microRNA，则参考了miRGator软件。
我们一般取几种软件（PicTar、Target-Scan、miRanda等）预测结果的交集，即overlap部分。
-编码区靶基因预测-
08年来，在PNAS，Science等顶级杂志报道了在基因编码区发现了microRNA的靶向位点，又将microRNA研究提升到一个新高度。我公司针对这一热点，开发了编码区靶基因预测服务项目。

代表文献:
1. Oct4 and Sox2 coding regions modulate embryonic stem cell differentiation. Nature. 17 September 2008
2. miR519 reduces cell proliferation by lowering RNAbinding protein HuR levels. PNAS,. Dec 23 2008
项目四：MicroRNA三维结构预测及相关分析

利用Nature及PNAS等报道的相关技术，我们开发了microRNA三维结构预测平台，该平台可以针对microRNA三维结构进行精确的预测。现已经在microRNA抑制剂的筛选，microRNA靶基因的精确查找等诸多领域开始应运，已经成功为多家单位开展了microRNA的研究，项目进展顺利。
＊应用一：microRNA小分子抑制剂的研究
通过构建出microRNA的三级结构，并找到其药物靶点；然后通过对小分子化合物的三级结构预测，预测能够抑制miroRNA活性的小分子化合物。


＊应用二：microRNA靶基因位点的精确定位-
常规的microRNA靶基因鉴定方法是从TargetScan、PicTar等靶基因数据库中查找能够匹配的基因，然而这样找到的基因数量众多，另一方面，如果知道了靶向基因，如何找到与其能够精确结合的microRNA，一直是比较难解决的问题。对此，我们利用microRNA与靶基因的结合自由能及物种保守性等标准，从二级及三级结构出发，查找能够互相精确匹配的mciroRNA与靶基因。