数字基因表达谱测序
产品名称: 数字基因表达谱测序
英文名称: Digital Gene Expression Tag Profiling,DGE
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数字基因表达谱分析(Digital Gene Expression Tag Profiling,DGE)是直接对某一物种或特定细胞在特定功能状态下产生的mRNA进行高通量测序,研究基因的表达差异情况。通过高通量测序一次可产生1千万个以上mRNA标签,可准确检测低丰度基因转录本,同时也可检测反义链转录本。此项技术已被广泛应用于基础科学研究、医学研究和药物研发等领域。
◆ 覆盖度高:一次测序即可分析样本中所有转录本表达信息。
◆ 检测范围广:可定量分析正常和低丰度转录本,以及反义转录本。
◆ 数字化信号:测序直接获得序列,无交叉杂交和背景噪音。
◆ 无序列偏好:联川生物推出升华版建库方案,有效避免序列偏好性。
案例一:利用数字基因表达谱测序研究常见慢性炎症性皮肤病的差异表达基因1
银屑癣,扁平苔癣(LP),以及过敏性皮炎(AD)是由免疫反应介导的常见慢性炎症性皮肤病。本研究采用数字基因表达谱测序技术对三种疾病患者的外周血T细胞中的基因表达谱进行分析。实验发现39个基因在上述疾病中显著差异表达。GO分析表明这些差异基因参与T细胞激活的正调控,并且发现RPRD1B基因在银屑癣中表达明显升高,可能有助于区分上述疾病。
图1 差异表达基因统计(A)和上调基因的富集性通路(B)
P-银屑癣,LP-扁平苔癣,AD-过敏性皮炎,N-健康对照
案例二:利用数字基因表达谱测序研究家蚕受白僵菌侵染早期的基因表达谱变化2
宿主-病菌的相互作用是非常复杂的过程并且难于揭示这些相互作用。真菌侵染家蚕(Bombyx mori)可能诱发种种应答反应。本研究采用数字基因表达谱测序技术对家蚕受白僵菌(Beauveria bassiana)侵染早期的基因表达谱变化进行分析。实验不仅鉴定出家蚕中真菌侵染应答相关的基因,也鉴定出在该互作过程中白僵菌表达变化的基因。
图1 真菌侵染早期的家蚕差异表达基因聚类分析
1、Li X, Li J, Yang Y, et al. Differential gene expression in peripheral blood T cells from patients with psoriasis, lichen planus, and atopic dermatitis. J Am Acad Dermatol. 2013, 69(5):e235-43.
2、Hou C, Qin G, Liu T, et al. Transcriptome analysis of silkworm, Bombyx mori, during early response to Beauveria bassiana challenges. PLoS One. 2014, 9(3):e91189.
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