ChIP-Seq
产品名称： ChIP-Seq
英文名称： ChIP-Seq
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测序简介
真核生物的基因组以染色质的形式存在，染色质是由DNA和蛋白质组成的复合物，研究DNA和蛋白质在染色质形式下的相互作用，对于阐明真核生物的基因表达机制具有重要意义。
染色质免疫共沉淀（ChromatinImmunoprecipitation, ChIP）是研究蛋白质与DNA相互作用的经典实验方法，广泛的应用于组蛋白特异性修饰位点、转录因子结合位点等研究。随着新一代测序技术的成熟与发展，整合了染色质免疫共沉淀与高通量测序技术的ChIP-Seq，是继ChIP-chip之后，蛋白质与DNA相互作用研究的又一技术突破。ChIP-Seq采用特异抗体对目的蛋白进行免疫沉淀，分离与目的蛋白结合的基因组DNA片段，对其进行纯化和文库构建，再通过高通量测序的方法，在全基因组范围内寻找目的蛋白的DNA结合位点，从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA片段信息。
全基因组覆盖：与ChIP-chip相比，ChIP-Seq可在全基因组范围对蛋白结合位点进行筛选与鉴定。
高灵敏度：每个样本可获得数百万条的序列标签，可发现研究基因组上稀有的蛋白结合位点。
高精确率：可获得高水平的信噪比数据，准确区分真实事件与噪音，精确定位蛋白结合位点。
高性价比：仅需较少的数据量即可鉴定全基因组范围内的结合位点。
HiSeq 3000/2500
SE50bp测序模式
20M clean reads
标准数据分析
1、去除接头序列及低质量reads的处理
2、测序质量评估
3、序列比对
4、测序reads全基因组分布图
5、结合峰鉴定
6、结合峰基因元件分布
7、差异结合峰检测
8、差异结合峰相关基因GO功能富集分析
9、差异结合峰相关基因KEGG生物通路富集分析个性化数据分析结合峰的motif检测
* 分析详细内容请向当地销售工程师索取
组蛋白甲基化修饰是一种重要的表观遗传学调控机制，参与基因转录调控过程。其中H3K4me3、H3K36me3与基因激活相关。2012年，来自西班牙、意大利等国科学家组成的研究团队，利用ChIP -Seq测序技术检测了全基因组范围的H3K4me3、H3K36me3组蛋白修饰情况，结合转录组测序技术，鉴定了在胰岛组织及β细胞中特异性表达的lncRNA。
2010年，Ramagopalan S研究者通过ChIP-Seq研究发现维生素D进入人体后会激活一种名叫维生素D受体的蛋白质，这种蛋白质会与脱氧核糖核酸（DNA）结合。研究表明，在DNA链上有2776个可供维生素D受体蛋白质结合的位点。其中，维生素D可以影响229个基因的活性。这些基因已经被证明与一系列疾病有关，如多发性硬化症、风湿性关节炎、慢性淋巴细胞性白血病、I型糖尿病和肠癌等。
1. ChIP-Seq检测peak在基因组上的分布
2. ChIP-Seq进行motif预测
