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 甲基化通常发生在胞嘧啶的C5 位，形成5- 甲基胞嘧啶(5mC)，甲基化的胞嘧啶多位于CpG 岛上。 DNA 甲基化对生命活动非常重要,是基因调控的手段之一(可通过对位于启动子及第一外显子区的 CpG 岛的甲基化而抑制基因的表达),DNA 甲基化在维持细胞正常功能、传递基因组印记,胚胎发育、肿瘤发生等方面发挥重要作用,目前已经成为表观遗传学和表观基因组学的研究热点。

   Bisulfite-Seq测序原理：利用Bisulfite（亚硫酸盐）对基因组DNA进行处理，所有未发生甲基化的胞嘧啶（C被转化成尿嘧啶（U），而甲基化的胞嘧啶C则不变。基因组DNA经Bisulfite处理后，设计相应引物扩增目的片段，此时尿嘧啶全部转化成胸腺嘧啶，对PCR产物进行测序，再与原始基因组序列进行信息比较分析，能够将基因组中未甲基化的C碱基与甲基化的C碱基完全区分开来。Bisulfite-Seq可在全基因组水平上最大限度的获取完整甲基化信息，精确绘制全基因组甲基化图谱。

应用领域：全基因组DNA甲基化图谱制作；疾病关联分析；基因调控分析等。

基因组甲基化测序数据主要分析内容：

①　测序数据基础分析与评估；

②　测序序列与参考序列的比对；

③　C碱基有效测序深度和不同reads测序深度下的基因组覆盖度；

④　基因组甲基化水平分析：C碱基的甲基化水平，CG、CHG与CHH的比例；

⑤　甲基化区域序列特征分析；

⑥　不同样品甲基化差异分析，差异甲基化区域(DMR)分析；

⑦　甲基化与基因表达相关性；

⑧　全基因组DNA 甲基化图谱。