供应代谢组学全程解决方案
产品名称: 供应代谢组学全程解决方案
英文名称: MingYe Gene,Inc.
产品编号:
产品价格: 询价:13795368404 woshichensong@gmail.com
产品产地: null
品牌商标: null
更新时间: null
使用范围: null
- 联系人 :
- 地址 : 上海国定路335号
- 邮编 : 200433
- 所在区域 : 上海
- 电话 : 137****8404 点击查看
- 传真 : 点击查看
- 邮箱 : woshichensong@gmail.com
代谢组是基因组、转录组和蛋白组的“终端”,是生命体特征的直接体现。代谢组学已经成为新的临床化学(new clinical chemistry)。本公司在代谢组学领域的业务包括以下方面:
1 疾病的识别(Disease identification)
2 疾病的诊断和预测(Disease prognosis & prediction)
3 疾病的监测(Disease monitoring)
4 药物代谢和毒性分析(Drug metabolism and toxicology)
5 代谢组与基因组的关系(Linkage between metabolome & genome)
6 代谢组分析软件开发(Development of software for metabolomics)
实验设计方案
针对客户的不同要求,具体的分析方案将有所不同。
实验操作方案
(1)确定研究目标:研究何种疾病的代谢组?
(2)选定样本来源(人),尤其注意正常样本的代表性和普遍性。
(3)对样本来源进行分组,并记录性别、年龄、病情、治疗等信息。
(4)样本采集(血浆、尿或者其它)。预处理,保存。如果利用核磁共振谱获得数据,见(a); 如果用色质联用,见(b)。
(a) 溶解, 离心, 取上清, 添加0.1%的2,2,3,3-三甲基甲硅烷基丙酸 (TSP)重水溶液,于4 ℃存,做H NMR,积分,记录并保存数据。
(b) 参照相关文献和已有知识,初步确定重点要分析的代谢物的成分和性质,并选择适当的LC/GC-MS实验条件,记录并保存数据。
数据分析方案
*目的:
找到正常与对照样本在代谢组水平上的差异,以期作为临床诊断的标准。
*分析步骤:
一、数据校正
以内标做参照。通过相关算法的运行,得出的数据作为校正后的数据。
二、统计学分析
用T-test等方法,计算每种化合物在不同样品组中差异的显著性,设置p阈值,判断p值小于阈值的化合物为检测含量有显著性差异的化合物。
三、聚类分析
用聚类方法对差异结果进行同源聚类,通过聚类图展示各样品之间的关系:
四、PCA分析(principal component analysis)
通过对有显著性差异的化合物数据做PCA分析,将样品的特征量压缩,在低维度空间反映样品之间的关系。用score plot展示PCA分析结果:
五、ROC诊断分析
该方法广泛用于医学诊断性能的评价,将灵敏度设为纵轴,特异性设在横轴,该曲线下的积分面积大小与诊断试验的优劣密切相关
六、预测模型构建
利用SVM,ANN,PAML等建模工具,进行预测模型的构建。