供应代谢组学全程解决方案-分子生物学服务 -技术服务-生物在线
上海明烨生物科技有限公司
供应代谢组学全程解决方案

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产品名称: 供应代谢组学全程解决方案

英文名称: MingYe Gene,Inc.

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上海明烨生物科技有限公司
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代谢组是基因组、转录组和蛋白组的“终端”,是生命体特征的直接体现。代谢组学已经成为新的临床化学(new clinical chemistry)。本公司在代谢组学领域的业务包括以下方面:
1 疾病的识别(Disease identification)
2 疾病的诊断和预测(Disease prognosis & prediction)
3 疾病的监测(Disease monitoring)
4 药物代谢和毒性分析(Drug metabolism and toxicology)
5 代谢组与基因组的关系(Linkage between metabolome & genome)
6 代谢组分析软件开发(Development of software for metabolomics)

实验设计方案

针对客户的不同要求,具体的分析方案将有所不同。






实验操作方案

(1)确定研究目标:研究何种疾病的代谢组?

(2)选定样本来源(人),尤其注意正常样本的代表性和普遍性。

(3)对样本来源进行分组,并记录性别、年龄、病情、治疗等信息。

(4)样本采集(血浆、尿或者其它)。预处理,保存。如果利用核磁共振谱获得数据,见(a); 如果用色质联用,见(b)。

(a) 溶解, 离心, 取上清, 添加0.1%的2,2,3,3-三甲基甲硅烷基丙酸 (TSP)重水溶液,于4 ℃存,做H NMR,积分,记录并保存数据。

(b) 参照相关文献和已有知识,初步确定重点要分析的代谢物的成分和性质,并选择适当的LC/GC-MS实验条件,记录并保存数据。

数据分析方案

*目的:

找到正常与对照样本在代谢组水平上的差异,以期作为临床诊断的标准。

*分析步骤:

一、数据校正

以内标做参照。通过相关算法的运行,得出的数据作为校正后的数据。

二、统计学分析

用T-test等方法,计算每种化合物在不同样品组中差异的显著性,设置p阈值,判断p值小于阈值的化合物为检测含量有显著性差异的化合物。

三、聚类分析

用聚类方法对差异结果进行同源聚类,通过聚类图展示各样品之间的关系:


四、PCA分析(principal component analysis)

通过对有显著性差异的化合物数据做PCA分析,将样品的特征量压缩,在低维度空间反映样品之间的关系。用score plot展示PCA分析结果:




五、ROC诊断分析

该方法广泛用于医学诊断性能的评价,将灵敏度设为纵轴,特异性设在横轴,该曲线下的积分面积大小与诊断试验的优劣密切相关


六、预测模型构建

利用SVM,ANN,PAML等建模工具,进行预测模型的构建。