技术简介

sdRNA是核仁小RNA(snoRNAs)加工产生的的单链非编码RNA，长度约15-30nt。最新研究表明：sdRNAs在肿瘤组织中异常表达，在血液、尿液中稳定表达等特征使其成为潜在的肿瘤标志物；另外，sdRNAs可与靶基因3’-UTR结合，发挥类似miRNA的作用，还可调节mRNA的翻译和稳定性，与基因沉默相关。云序生物提供的sdRNAs测序可全面检测sdRNA谱，还可以发现新的sdRNA，并额外附送miRNA表达谱分析。

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不同类型sdRNA长度分布

超高性价比：

一举两得，同时检测和分析sdRNA和miRNA。

单碱基分辨：

单碱基分辨，可精确检测细微差异的sdRNA。

全物种覆盖：

适用于几乎任何物种，无需参照sdRNA，可发现新的sdRNA。

一站式服务：

客户只需提供细胞、组织、体液或总RNA，云序生物为您完成从样品准备、文库制备、上机测序到数据分析的整套服务流程。

专业的生物信息学分析：

云序生物具有强大的生物信息学团队，能够满足客户的各类深入数据分析要求。

样品类型：

组织、细胞、体液或RNA样品。其它类型样品请详询。

样品量：

a）细胞：2×10⁷

b）组织：100 mg

c）体液：全血、血清、血浆2-3 ml

尿液：50 ml

脑脊液：5 ml

d）总RNA：2μg（OD260/280≥1.8；OD260/230≥1.5；无明显降解，电泳检测样品特征性条带完整清晰，无明显弥散或拖尾 28S：18S≥1.5或者RIN≥7）

样品运输及保存：

样品运输：样品置于1.5mL管中，封口膜封好，干冰运输。

样品保存：细胞样品或新鲜组织块，可用TRIZOL或RNA保护剂处理，液氮冻存后，-80℃保存，RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中，-80℃保存，样品保存期间避免反复冻融。

1、sdRNA统计

2、sdRNA长度统计

3、sdRNA散点图

4、snoRNA二级结构图

5、snoRNA(HBII-180C)和其产生的sdRNA序列比对

案例1：sdRNA促进乳腺癌细胞侵袭能力

原文：Human snoRNA-93 is processed into a microRNA-like RNA that promotes breast cancer cell invasion

期刊：Npj Breast Cancer 

本研究通过对比较两株乳腺癌细胞系MCF-7和MDA-MB-231的snoRNA源小RNA测序数据，鉴定到这些小RNA来自于13个snoRNA过表达的MDA-MB231细胞。研究还发现sdRNA-93是其中变化最大的小RNA，并且功能实验表明sdRNA-9可促进肿瘤侵袭能力。据文献记载肌氨酸代谢相关蛋白Pipox与乳腺癌不同分子亚型相关，而sdRNA-93可通过结合Pipox的3’-UTR区域调控其表达，即sdRNA-93与Pipox表达呈负相关。因此，本研究揭示sdRNA-93可通过microRNA样作用调控乳腺癌恶性表型。

图1. snoRNA二级结构及其产生的sdRNA（绿色）

图2. sdRNA-93与靶基因pipox结合位点及荧光素报告实验验证