Hyperactive In-Situ ChIP Library Prep Kit for Illumina(pG-Tn5)(针对CUT&Tag技术定向开发的专用试剂盒)
产品名称: Hyperactive In-Situ ChIP Library Prep Kit for Illumina(pG-Tn5)(针对CUT&Tag技术定向开发的专用试剂盒)
英文名称: Hyperactive In-Situ ChIP Library Prep Kit for Illumina(pG-Tn5)
产品编号: TD901
产品价格: 0
产品产地: 南京
品牌商标: Vazyme
更新时间: 2023-09-20T18:40:31
使用范围: null
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操作简单:可一步实现DNA的片段化和接头连接,仅需9 h即可实现从细胞到二代测序文库的转化
超高活性:兼具Protein G&Tn5活性,DN**段化活性极高
细胞起始量低:可兼容低至60个细胞,甚至单细胞
纯度高:蛋白纯度高、核酸残留低
1. CUT&Tag技术原理及应用
CUT&Tag(Cleavage Under Targets and Tagmentation)是替换传统的ChIP-Seq用以研究蛋白质-基因组互作的新技术,与后者相比,它具有显著优势,如:信噪比高,可重复性好,实验周期短(1天实现从细胞到文库构建),细胞投入量低等,尤其适用于早期胚胎发育、干细胞、肿瘤以及表观遗传学等研究领域。
CUT&Tag技术的实验流程简单,主要包括:①收集细胞;②分别孵育一抗和二抗;③孵育pA/pG-Tn5转座子(Hyperactive® pA/pG-Tn5 Transposon);④激活转座子,进行DN**段化;⑤DNA提取;⑥文库扩增与纯化。
2. 转座子切割活性高
如图所示,对Vazyme #TD901中提供的pG-Tn5转座子进行活性检测,投入50 ng 人基因组DNA(gDNA),1 μl转座子可快速(10 min)实现DN**段化,说明该融合酶切割DNA活性很高。
3. 细胞起始量低
A: CUT&Tag峰形图
100 cells | 10,000 cells |
如图A所示:投入不同起始量的HEK293细胞(100或10,000个细胞),按照Vazyme #TD901说明书推荐的反应体系进行CUT&Tag实验;其中,pG-Tn5转座子使用的终浓度为0.04 μM,一抗为H3K27me3(CST,#9733),二抗为Goat anti Rabbit(Bioworld,#BS13271)。通过使用Agilent 2100 Bioanalyzer进行文库分布检测,结果显示对于不同细胞投入量(100个或10,000个细胞),均可构建出与文献中类似的呈现Ladder状的文库,说明该体系能够兼容低细胞起始量的实验。
B:Peak 富集
如图B所示:将图A中的CUT&Tag文库进行二代测序分析,可以看出,100个细胞可以达到与10,000细胞类似的Peak富集,且信噪比显著高于ChIP-Seq。
4. 实验重复性好
如上图所示,投入不同起始量(1,000、10,000或100,000)的HEK293细胞,每种起始量做2个重复,按照Vazyme #TD901说明书推荐的反应体系进行CUT&Tag实验;其中,pG-Tn5转座子使用的终浓度为0.04 μM,一抗为H3K27me3(CST,#9733),二抗为Goat anti Rabbit(Bioworld,#BS13271),阴性对照为与一抗同源的IgG(CST,#2729)。对上述文库样本进行二代测序,针对富集的reads进行pearson相关性分析,可以看出,平行样本之间的重复性较好。
Hyperactive® In-Situ ChIP Library Prep Kit for Illumina是针对CUT&Tag技术定向开发的专用试剂盒。CUT&Tag技术是一种研究蛋白质-DNA互作的新方法,通过将Protein G或Protein A与经过工程学改造的超高活性Tn5转座酶融合,形成兼具双重活性的新型融合酶(Hyperactive® pG-Tn5/pA-Tn5 Transposase),在抗体引导下精准靶向切割目的蛋白附近的DNA序列。与传统的ChIP-Seq相比,该技术具有细胞投入量低、实验周期短、信噪比高、可重复性好等优势,尤其适用于早期胚胎发育、干细胞、肿瘤以及表观遗传学等研究领域。试剂盒中所有试剂都经过严格的质量控制和功能验证,最大程度上保证了文库构建的稳定性和重复性。
BOX 1:ConA beads 2 ~ 8℃保存,其余组分室温储存。
BOX 2:5% Digitonin -30 ~ -15℃保存,室温下可保存1周;
10 × Binding Buffer -30 ~ -15℃保存,2 ~ 8℃下可保存6个月;
其余组分-30 ~ -15℃储存。