第二代高通量测序技术服务
产品名称： 第二代高通量测序技术服务
英文名称： sequencing service
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更新时间： 2023-09-21T16:15
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上海康成生物工程有限公司
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microRNA测序技术优势
* 数字化信号：基于高通量测序技术的microRNA发现平台能够直接从单核苷酸水平研究microRNA分子，不存在传统芯片杂交的荧光模拟信号带来的交叉反应和背景噪音问题，非常利于区分相同家族以及序列极为相似的不同microRNA分子。
* 高精确性：精确衡量microRNA表达情况，准确性地检测isomiRs，精度达到一个碱基；准确区分成熟和前体microRNA。
* 高置信度：高灵敏度与特异性，无需重复实验，产生的定量数据与实时定量PCR结果具有高度的一致性。
* 任意物种的高通量分析：microRNA测序能够研究任意物种中的microRNA分子，无需任何预先的序列信息以及二级结构信息。
* 更丰富的生物信息分析：测序产生的数据能够随时使用最新的公用microRNA数据库注释原始数据中已知的microRNA，还能够进一步发掘未匹配数据，发现新的microRNA种类及isomiRs，寻找更深入的研究信息。
康成生物microRNA测序服务的优势
* microRNA的异构体分析
通过高通量测序可以检测microRNA的众多异构体（isomiR），这是基于杂交技术的芯片检测无法实现的。利用康成生物microRNA测序服务提供的数据，研究者可以更丰富、准确地得到针对同一microRNA的所有isomiR信息，从而全面的认识microRNA以及其功能和调控，
* 三个角度全面分析microRNA差异表达
测序的读书指征了该microRNA分子的相对表达情况，利用读数的差异可以比对不同microRNA表达量的差异；选择不同的isomiRs对microRNA表达水平进行研究，会导致microRNA表达差异的分析结果有所不同，康成生物提供的报告包含下列三种microRNA的数据：表达丰度最高的（Most_Abundant_Seq）；所有isomiRs的（ALL_Isoform）；mirBase收录的（Mature_Alone）。研究者可以根据研究需要，选择适当的测序数据进行分析。
* 简化操作步骤，减少实验误差
传统方法先对microRNA进行富集，再两边加接头，而且每一步都要纯化回收，很容易产生实验误差，而康成生物只需要对总RNA就能完成实验，减少实验误差。
* 适合样本总RNA量少的客户
康成对microRNA测序实验经过优化，不需要对microRNA进行富集和反复的纯化，因此对于样品量较少的客户更加适合，只需1.0ug甚至更低的总RNA即可检测microRNA表达；高灵敏度检测microRNA，最低可以检测到每个细胞只有一个copy的microRNA
* microRNA的异构体分析
通过高通量测序可以检测microRNA的众多异构体（isomiR），这是基于杂交技术的芯片检测无法实现的。利用康成生物microRNA测序服务提供的数据，研究者可以更丰富、准确地得到针对同一microRNA的所有isomiR信息，从而全面的认识microRNA以及其功能和调控，
* 三个角度全面分析microRNA差异表达
测序的读书指征了该microRNA分子的相对表达情况，利用读数的差异可以比对不同microRNA表达量的差异；选择不同的isomiRs对microRNA表达水平进行研究，会导致microRNA表达差异的分析结果有所不同，康成生物提供的报告包含下列三种microRNA的数据：表达丰度最高的（Most_Abundant_Seq）；所有isomiRs的（ALL_Isoform）；mirBase收录的（Mature_Alone）。研究者可以根据研究需要，选择适当的测序数据进行分析。
* 简化操作步骤，减少实验误差
传统方法先对microRNA进行富集，再两边加接头，而且每一步都要纯化回收，很容易产生实验误差，而康成生物只需要对总RNA就能完成实验，减少实验误差。
* 适合样本总RNA量少的客户
康成对microRNA测序实验经过优化，不需要对microRNA进行富集和反复的纯化，因此对于样品量较少的客户更加适合，只需1.0ug甚至更低的总RNA即可检测microRNA表达；高灵敏度检测microRNA，最低可以检测到每个细胞只有一个copy的microRNA
DNA甲基化测序技术优势
* 灵活度高：能够直接对任意物种的高甲基化片段进行测序，无需已知的基因组序列信息。
* 灵活度高：能够直接对任意物种的高甲基化片段进行测序，无需已知的基因组序列信息。
* 检测范围广：覆盖整个基因组范围的甲基化区域。
* 精确度高：能够在实际结合位点50个碱基范围内精确定位。
* 数字化信号：直接对甲基化片段进行测序和定量，不存在传统芯片杂交的荧光模拟信号带来的交叉反应和背景噪音问题。
上图. DNA甲基化测序技术能够覆盖整个基因组区域包括启动子区、内含子、外显子、基因间，甚至是一些重复序列，并能分析这些区域各自的甲基化程度，右上角的不同颜色就代表了不同的甲基化程度（摘自Down TA., et al, 2008, Nature Biotechnology）。
康成生物提供MeDIP-seq技术服务的优势
*优化的文库制备流程
起始量少至1μg乃至更少量的起始DNA样品即可进行甲基化测序实验；同时，对MeDIP富集过程及测序文库严格的质量监控保证了高品质的测序结果。
*对DNA甲基化水平进行数字化定量分析
通过对测序得到的大量序列进行深入分析，MeDIP-seq得到的序列信息能够转换为可定量的甲基化水平信息。对基因组任意区域的甲基化水平给出定量的结果，并分析差异甲基化的区域。
*可视化分析
提供50bp精度的全基因组DNA甲基化信号可视化数据。通过UCSC基因组浏览器（UCSC genome browser），任意区域的甲基化水平能够直观的进行展示和比较。
*优化的文库制备流程
起始量少至1μg乃至更少量的起始DNA样品即可进行甲基化测序实验；同时，对MeDIP富集过程及测序文库严格的质量监控保证了高品质的测序结果。
*对DNA甲基化水平进行数字化定量分析
通过对测序得到的大量序列进行深入分析，MeDIP-seq得到的序列信息能够转换为可定量的甲基化水平信息。对基因组任意区域的甲基化水平给出定量的结果，并分析差异甲基化的区域。
*可视化分析
提供50bp精度的全基因组DNA甲基化信号可视化数据。通过UCSC基因组浏览器（UCSC genome browser），任意区域的甲基化水平能够直观的进行展示和比较。
DNA羟甲基化测序技术优势
* 特异性检测羟甲基化： 5-hmC抗体能够区分甲基化和羟甲基化信号，特异性的检测羟甲基化区域。
* 灵活度高：能够直接对任意物种的高羟甲基化片段进行测序，无需已知的基因组序列信息。
* 检测范围广：覆盖整个基因组范围的羟甲基化区域。
* 精确度高：能够在实际结合位点50个碱基范围内精确定位。
* 数字化信号：直接对羟甲基化片段进行测序和定量，不存在传统芯片杂交的荧光模拟信号带来的交叉反应和背景噪音问题。
康成hMeDIP-seq技术服务优势
* hMeDIP富集效果特异性佳：hMeDIP是获得准确测序数据的关键。康成hMeDIP平台经过不断地优化，抗体富集效率高和特异性好。
* 严格的质控体系：康成生物在hMeDIP-seq每个关键步骤都加入了 质控实验（图2，3）。这些QC数据能够评估每个步骤的质量。如果达不到标准，我们会重复实验步骤或者优化实验体系，使得每个样品都能够顺利进入下个实验环节。
图2. hMeDIP-seq技术服务流程和关键步骤的质量控制
图3. hMeDIP-qPCR 质控。hMeDIP特异地富集羟甲基化的Spike-in序列，且阳性信号远高于背景噪音。
* 优化的文库制备流程: 起始量少至1μg乃至更少量的起始DNA样品即可进行羟甲基化测序实验；同时，对hMeDIP富集过程及测序文库严格的质量监控保证了高品质的测序结果。
* 对DNA羟甲基化水平进行数字化定量分析：通过对测序得到的大量序列进行深入分析，hMeDIP-seq得到的序列信息能够转换为可定量的羟甲基化水平信息。对基因组任意区域的羟甲基化水平给出定量的结果，并分析差异羟甲基化的区域。
* 可视化分析: 提供50bp精度的全基因组DNA羟甲基化信号可视化数据。通过UCSC基因组浏览器（UCSC genome browser），任意区域的羟甲基化水平能够直观的进行展示和比较。
康成生物提供RRMHS（Reduced Representation Methylcytosine & Hydroxymethylcytosine Sequencing）测序服务的优势
＊ 同时检测甲基化位点和羟甲基化位点—传统的RRBS（Reduced Representation Bisulfite Sequencing）方法无法区分甲基化与羟甲基化，而这两种DNA修饰的生物学意义和功能完全不同。康成生物RRMHS由传统的Reduced Representation Bisulfite Sequencing (RRBS)方法改进而来，在亚硫酸氢盐处理前，通过糖基化处理保护羟甲基化的CCGG位点，使之不被MspI限制性内切酶切开。因此，不但可以检测甲基化的CpG位点，还可以同时检测全基因组范围内CCGG位点中羟基化的CpG。
＊ 比传统RRBS更多的甲基化CpG检测位点，更广的基因组覆盖区域—除了promoter和CpG island，大量研究证明其它区域如CpG island shore、gene body和intergenic的甲基化同样具有重要生物学意义。
图1. 康成RRMHS和传统RRBS 在不同基因组区域的覆盖度。其中，
★上图采用传统RRBS 方法，通过单酶切只能富集CpG位点含量高的区域，如promoter 和CpG island，而且只能覆盖3-5 million CpG位点。
★下图采用康成RRMHS测序方法，通过双酶切富集，能够检测更多的甲基化分析区域，RRMHS不仅对promoter和CpG island的覆盖度更佳，而且可以检测更多的CpG island shore和gene body，对基因组CpG位点的覆盖度是传统RRBS的2倍以上。
＊ 远大于Illumina 450K芯片平台的CpG检测位点和在功能区域内的CpG位点覆盖率
图2. 康成RRMHS和450K芯片总的CpG位点检测数量（A）及在不同功能区域平均检测的CpG位点数（B）： 450k芯片由于CpG覆盖度低不能进行区域的差异甲基化分析，而康成RRMHS能进行准确分析。
＊ 全基因组范围内的单CpG位点分辨—相对于基于IP（immunoprecipitation）的甲基化分析方法，RRMHS具有分辨率更高的优势（单CpG位点分辨）；而相对于基于酶切的甲基化分析方法，RRMHS的分析针对全基因范围，而不仅仅局限于酶切位点，具有覆盖更全面的优势。
染色质免疫共沉淀测序
染色质免疫共沉淀技术（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具，利用该技术不仅可以检测体内反式因子与DNA的动态作用，还可以用来研究组蛋白的各种共价修饰以及转录因子与基因表达的关系。
结合高通量的新一代测序技术（Illumina Hiseq），通过对染色质免疫共沉淀（ChIP）富集得到的DNA片断进行大规模测序，研究人员可获得数百万条序列标签，并能把所关注的蛋白的DNA结合位点精确定位到基因组上，从而获得全基因组范围内组蛋白各种修饰状态、转录因子结合位点的高分辨率分布图。染色质免疫共沉淀测序（ChIP-Seq）是继ChIP-chip之后，蛋白/核酸相互作用研究领域的又一技术突破。高质量、高通量、低成本的数据产出，为表观遗传组学研究提供了一套全新高效的技术工具。
技术优势
*灵活度高：任何物种任何序列都可进行实验，无需已知的基因组序列信息。
*灵活度高：任何物种任何序列都可进行实验，无需已知的基因组序列信息。
*检测范围广：覆盖整个基因组，包括芯片无法检测的重复序列区域。
*定位精确度高：在实际结合位点的50个碱基范围内精确定位。
*信噪比高：背景比芯片结果（ChIP-chip）低。
*灵敏度高：每个ChIP样本可获取数百万个有效序列标签。
上图.与芯片技术（ChIP-chip）相比，ChIP-sequencing具有背景低、信噪比高、定位精度高、实验灵敏度高等优势。（摘自Park P.J, 2009, Nature Reviews Genetics）
应用领域：组蛋白修饰，转录因子，RNA polymerase II，CTCF等。
人体微生物组测序服务
人体的微生物群落构成，称之为人体微生物组(Human Microbiome)，其改变能够大幅影响人体的各项生理活动，包括代谢及药物作用等，与多种疾病的发生存在关联。
传统的微生物群落分析方法（如分离纯培养，单克隆测序等）操作繁琐、成本高，且不能检测痕量微生物，随着高通量测序技术的应用，这些问题都迎刃而解。康成服务为您同时提供现有的两种高通量微生物群落测序分析方法：16s rDNA测序和鸟枪法宏基因组测序。通过这两种方法，可以：1. 准确定量分析不同人体来源如皮肤、内脏、血液、肠道等样本的微生物组；2. 比较不同样本间的微生物组差异；3. 研究微生物组差异与人体生理活动及疾病的关系；4. 寻找疾病诊断的生物标记和药物开发的靶标
一．16s rDNA测序服务
细菌编码16s rRNA的rDNA基因具有良好的进化保守性以及与进化距离相匹配的良好变异性。
16s rDNA测序服务采用通用引物对细菌群落的16s rDNA含有的可变区域进行PCR扩增，然后高通量测序，通过对16s rDNA可变区序列的比对分析，可以准确定量分析不同样本细菌群落的构成，研究人体微生物组。
康成优势
● 流程简单，实验周期短
● 定量精确，灵敏度高，能检测痕量微生物
● 采用人类微生物组计划（HMP）标准数据分析流程，结果可靠，可比性强
二．鸟枪法宏基因组测序服务
微生物进化变异体现在全基因组范围的DNA序列上。鸟枪法宏基因组测序直接对微生物群落的混合基因组DNA样本进行高通量测序，通过全基因组范围分类标记DNA序列的比对分析，可以准确定量分析不同样本微生物群落的构成，研究人体微生物组
康成优势
● 全基因组范围的分类标记比对，菌种分析更为精确
● 序列覆盖广，灵敏度更高
● 采用人类微生物组计划（HMP）标准数据分析流程，结果可靠，可比性强
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