935K 甲基化芯片

芯片描述

Illumina公司的Infinium MethylationEPIC BeadChip Kit，可在单核苷酸水平上定量检测基因组中的超过935,000个甲基化位点。可平行分析包括FFPE在内的多个样本，从而在最大限度地减少每个样本成本的同时实现高通量。

Infinium HD芯片技术能够使内容选择摆脱因甲基化DNA捕获方法的偏差而受到的相关限制。结果包括泛增强子和编码区域的甲基化组图谱，可用于各种人类组织的表观基因组关联研究。

全面的全基因组覆盖度

该芯片包含甲基化专家要求的以下内容类别:

• CpG岛以外的CpG位点
• 人类干细胞中鉴定出的非CpG甲基化位点（CHH位点）
• 肿瘤与正常样本中鉴定出的差异甲基化位点
• FANTOM5增强子
• ENCODE开放染色质和增强子
• DNase超敏位点
• miRNA启动子区域

整合的分析软件

MethylationEPIC数据分析由GenomeStudio Methylation Module提供支持。GenomeStudio软件可让研究人员轻松为小规模研究进行差异甲基化分析。它特有的高级视图工具，让研究人员能够在单幅图（如热图、散点图和线条图）中查看大量的数据。

这些工具以及GenomeStudio Genome Browser展示了大量有用信息，如染色体坐标、GC百分比、CpG岛的位置，以及甲基化β值。

对于大规模研究而言，现在有许多能在软件框架R语言下运行的免费分析包可供采用，可用于甲基化数据的归一化和差异分析。