全基因组重测序

简介
全基因组重测序主要是指对基因组序列已知的物种个体进行相对精准的全基因组测序，由此可在同物种的不同个体间或群体内进行差异性分析。
二代测序平台使得全基因组重测序得以实现。利用二代测序进行全基因组重测序，能够全面挖掘基因序列差异和结构变异，不仅可以获得大量的单核苷酸多态性（SNP）信息、序列的插入缺失位点信息，还可以检测到多种结构变异（SV）和拷贝数变化（CNV）。通过对获得的海量信息进行分析比对，能够发现或检测与疾病发生相关的序列位点信息，有助于理论科研、疾病诊断、药物作用靶点以及个体化诊疗的进一步发展，帮助客户在全基因组水平上扫描并检测与重要性状相关的基因序列差异和结构变异-SNV，实现遗传进化分析及重要性状候选基因预测。由此，全基因组重测序具有重大的科研和应用价值。
目前针对人类全基因组重测序能保证30X，90G的数据量。

技术特点
1.可根据不同需求选择不同的测序系统
目前应用于真核生物全基因组重测序的主要是Illumina公司的Solexa测序系统（例如早期的Genome Analyzer 系列和新一代的HiSeq系列等）和 AB公司的SOLiD测序系统（包括SOLiD系列以及最新的5500系统）。佰真公司同时拥有Solexa和SOLiD两种测序平台，两套测序系统各有侧重，适用于不同的科研或应用需求。用户可根据样本量、所需的数据量以及不同的研究目的选择适合的测序系统进行重测序。
2.测序深度在10-15×以上
测序深度（Sequencing Depth）指测序得到的碱基总量（bp）与基因组大小（Genome）的比值，它是评价测序量的指标之一。测序深度与基因组覆盖度之间是一个正相关的关系，测序带来的错误率或假阳性结果会随着测序深度的提升而下降。重测序的个体，如果采用的是双末端或Mate-Pair方案，当测序深度在10-15×以上时，基因组覆盖度和测序错误率控制均得以保证。

样本要求

1) 样品纯度：OD 260/280值应在1.8～2.0 之间；无降解、无RNA污染。
2) 样品浓度：最低浓度不低于100ng/μl。
3) 样品总量：每个样品总量不少于10μg，小片段文库不少于6 μg。
4) 样品溶剂：应溶解在纯水或TE （pH 8.0）中。
5) 样品运输：DNA低温运输（-20℃）；且在运输过程中请用parafilm将管口密封好，以防出现污染。

检测流程
提取基因组DNA并随机打断，电泳回收所需长度的DNA片段，并加上接头进行Cluster制备，最后上机测序。测序完成后，通过序列间的比对，可以寻找到大量的单核苷酸多态性（SNP），插入缺失和结构变异位点（Indels），利用生物信息分析对基因间的差异进行注释，最后寻找与疾病关联信息。

应用领域
重测序能够检测全基因组的罕见变异，可以获得大量的单核苷酸多态性（SNP）信息、序列的插入缺失位点信息，还可以检测到多种结构变异（SV）和拷贝数变化（CNV）。通过对获得的海量信息进行分析比对，能够发现或检测与疾病发生相关的序列位点信息，有助于理论科研、疾病诊断、药物作用靶点以及个体化诊疗的进一步发展，帮助客户在全基因组水平上扫描并检测与重要性状相关的基因序列差异和结构变异-SNV，实现遗传进化分析及重要性状候选基因预测。

参考文献

1. Erin D. Pleasance, Philip J. Stephens, Sarah O’Meara et al.. A small-cell lung cancer genome with complex signatures of tobacco exposure. Nature, 2010, 463:184-190.

2. Michael James Clark, Nils Homer, Brian D. O’Connor et al.. U87MG Decoded: The Genomic Sequence of a Cytogenetically Aberrant Human Cancer Cell Line. PLoS Genetics, 2010, 6(1): e1000832.

3. Rossa W.K. Chiu, Hao Sun, Ranjit Akolekar et al.. Maternal Plasma DNA Analysis with Massively Parallel Sequencing by Ligation for Noninvasive Prenatal Diagnosis of Trisomy 21. Clinical Chemistry, 2010, 56(3): 459–463.

4. Stephan C. Schuster, Webb Miller, Aakrosh Ratan et al.. Complete Khoisan and Bantu genomes from southern Africa. Nature, 2010, 463: 943-947.

5. Wei Chen, Reinhard Ullmann, Claudia Langnick et al.. Breakpoint analysis of balanced chromosome rearrangements by next-generation paired-end sequencing. European Journal of Human Genetics, 2010, 18: 539-543.