随着生物技术的发展,构建一张高密度、高质量的遗传图谱已经在动植物基因研究中发挥了越来越重要的作用。我公司拥有多年专业构建遗传图谱的经验,目前,已经完成大量物种(粮食作物、经济作物、蔬菜、花卉、林木果树、家畜家禽、水产动物及藻类等)高密度遗传图谱的绘制,其中包括上图标记超过1万的遗传图谱。
通过不懈的研发和调试,我们在蛇年新春之际,创造性的推出sgsMap作图策略,全面提升高密度遗传图谱项目优势,为您一站式解决图谱绘制和QTL定位,先进的测序技术和sgsMap作图策略更有利于您的基金申请和高水平文章的发表。(sgsMap与其它作图软件比较数据见图1)。
作图效率更高:sgsMap速度较Joinmap4.0快至少10倍,同时解决了Joinmap4.1重复性差的问题,有效地兼顾了作图效率和图谱准确性。
图序高保真:sgsMap对于高通量数据的错误和缺失有更强的容错能力,同等情况下,图序准确性远高于其他构图软件(图1),在辅助基因组组装中具有明显的优势。
图距更准确:在存在错误和缺失的情况下,Joinmap4.1图距与错误呈线性关系,而sgsMap图距更接近真实水平,在QTL定位中发挥重要的作用。例如,我公司实际项目:鲤鱼高密度遗传图谱构建中,sgsMap的图距比Joinmap4.1缩短了5倍。
图谱密度高:基于我公司的计算机集群和平台优势,sgsMap对个体数和标记数没有限制,可以实现大群体上万计标记快速、准确作图;而Joinmap4.1(32位)能够处理最多4000个点,超过4000个点,无法分群和排图。
图谱评估体系化:为了保障图谱准确性,我们为客户提供目前世界上最完整、最先进的图谱质量评估体系(见图2),彻底解决图谱未经评估导致定位结果不可靠的问题,实现图谱质量可视化,为QTL精细定位提供全面保障。
图1 sgsMap与其它作图软件比较数据
B: Joinmap4.0对低质量数据容错能力明显低于4.1和sgsMap,当error ratio大于20%,sgsMap数据容错能力明显优于Joinmap4.1,从而在同等数据质量的情况下,更真实地反映标记的距离及排列顺序;
C: 同样情况下,sgsMap数据噪音随error ratio的线性增加率最小,从而更好的保证图序的准确性。
图2 百迈客高密度遗传图评估体系
蛇年新春之际,为了答谢广大客户对我公司的支持,特推出高密度遗传图谱新春优惠活动,详情请咨询 400-600-3186。